macOS Mojave特有の問題ではありませんが、あなたがお使いのmacを終了しようとしても、何も起こらないことがあります。
完全にこの問題が復旧するわけではありませんが、ターミナルから再起動が完了された後から症状が改善しましたので、備忘録として記録しておきます。
以下、手順です。
- ターミナル（terminal.app）を起動する。
sudo rebootと入力する。- パスワードを聞かれるので、macで設定しているパスワードを入力してreturnキーを押下。（パスワードを入力しているとき、入力された文字列は表示されません）
- macが再起動する。
この手順を実行すると、次回以降はすんなりとシステム終了や再起動を行うことができます。
参考：当方でこの問題が発生したのは、iMac 2017 Retina 5K(MNE92J/A)です。